Les sens:

-La vue du cochon d'inde est basée plus sur les mouvements que sur la perception des reliefs (il a donc du mal à apprécier les hauteurs et peut tomber aisément d'une table). Son champ de vision est très large (340°) du fait de la position latérale de ses yeux. Il est capable de reconnaitres des couleurs comme le rouge, le jaune et le vert, ce qui est essentiel lorsqu'on doit reconnaitre les végétaux que l'on mange.

-L'ouïe est très bien développée chez le cochon d'inde, d'autant plus qu'ils communiquent en partie avec des sons. Leurs oreilles forment des pavillons grands ouverts, et leur canal auditif est court. Elles leurs permettent d'entendre des fréquences de 125 à 33 000Hz si ce n'est plus, c'est à dire des sons trois fois plus aigüs que ce que nous pourrions percevoir. C'est entre 500 et 8000Hz que le cobaye réagit le plus, c'est pourquoi il a peur de bruit, et n'aime pas tellement le silence non plus. Les bruits soudain peuvent faire paniquer le cobaye qui est un animal très sujet au stress et aux problèmes cardiaques.

-L'odorat est le second moyen de communication du cobaye. Il est sans doute beaucoup plus développé que le notre, mais il l'est moins que celui d'un animal comme le chien. Les odeurs leur permettent de reconnaitre leurs congénère (sexe, hiérarchie), leur territoire, et leur maître. L'appareil respiratoire des cochons d'inde est fragile et sensible à la poussière, à l'ammoniac, au tabac et d'autres odeurs.

 
-Le goût du cobaye est très développé comme chez la majorité des herbivores, puisqu'il leur permet de déceler les plantes toxiques, avec l'aide de leur odorat. Les cochon d'inde développent donc des préférences alimentaires très tôt, c'est pourquoi il faut leur apporter une nourriture variée assez tôt, afin d'éviter le refus d'aliments essentiels. Mais en général le cobaye est gourmand, et il n'y a pas de problème pour le faire manger.

-Le toucher est assuré par ses "moustaches" - les vibrisses - qui lui permettent de sentir les obstacles dans le noir. Il ne faut jamais les lui couper, sans quoi il aura des problème d'orientation. Certaines races comme les Rex et les Texel ont des vibrisses plus courtes ou ondulées, ce qui leur pose des problèmes pour se repérer.